Po pierwszej cutscence, która pozostawia wiele pytań, przyszła kolej na rozpoczęcie akcji. Twierdza wiedźminów została zaatakowana, przez tajną organizację „Salamandra”, na czele której stoi zerrikański czarownik - Azar Javed, nasz przyszły cel. Oraz Magister, jego pomocnik. Razem z oddziałem bandytów, wkracza do Warowni Starego Morza. Mieszkańcy Caer a ‘Muirehen stawiają twardy opór i po pewnym czasie udaje im się odeprzeć atak, ale płacą za to ogromną cenę. Uczeń Vesemira – Leo, zginął, a napastnicy zabrali z laboratorium cenne, wiedźmińskie tajemnice, które mutanci ukrywali nawet przed zaprzyjaźnioną z nimi czarodziejką, Triss Merigold. Wiedźmini postanawiają opuścić Kaer Morhen i ruszyć w świat, w poszukiwaniu skradzionych medykamentów. Geralt ma wyruszyć do stolicy Temerii, Wyzimy, gdyż król Foltest ma wobec niego dług wdzięczności...

Geralt zostaje zmuszony podejmować trudne decyzje, a od jego wyborów zależy los wielu istot.